Wg tego: http://atariki.krap.pl/index.php/GTIA
wychodzi na to, że jest to wada "typu drugiego". Tam jest opisane właśnie, że jest ona wadą ukrytą i można zaobserwować ją w sysinfo dopiero po wygrzaniu kompa.
Spróbuj odpalić sysinfo i jak masz tam dobry obraz, to czekaj na nim aż zacznie się psuć i sprawdź czy to się dzieje dokładnie tak jak to opisane jest właśnie tam na atariki. Ciekawi mnie też po jakim czasie się to dzieje.
Wg tego samego artykułu na atariki jest opisane, że można łatwo tej wady się pozbyć poprzez (cytuję):
"doprowadzenie do nóżki 35 układu ANTIC sygnału OSC z układu GTIA (nóżka 28) zamiast FØ0 (likwiduje to tylko wadę typu drugiego)".

Czy dobrze rozumiem, że trzeba przeciąć standardową ścieżkę i jumperem połączyć ANTIC z GTIA? W tym kompie założę inne GTIA a to pójdzie na razie na bok, ale może kiedyś będę potrzebował go użyć - dobrze wtedy wiedzieć, jak obejść problem.

tak potwierdzam, mam gtia z błędem typu 2go, tak - mostek antic/gtia jak podaje mq rozwiązuje problem

Podałem ten sposób bardzo prosty w poście nr 6, bo sprawdziłem na schemacie, że standardowo jest połączona noga 29 GTIA z nogą 35 Antica, natomiast my mamy połączyć nogę 28 zamiast 29. Noga 28 musi przy tym zostać połączona nadal ze wszystkim z czym była połączona, natomiast noga 29 z niczym więcej się nie łączy standardowo, dlatego można ją odłączyć całkowicie i w to miejsce po prostu zewrzeć punkt po nodze 29 z nogą 28 - tak jak napisałem najlepiej pod spodem płyty.

@perf: to spróbuj też tej samej metody naprawy i napisz czy pomogło. Skoro jest to w opisie naprawy na atariki i dodatkowo takron27 powyżej potwierdził, że działa, to warto spróbować, to prosta naprawa jest i w razie czego łatwo odwracalna.

Edit: a problem pojawia Ci się po dwóch minutach, bo z tego co zaobserwowałem, to Atari wygrzewa się właśnie kilka minut, a w tym czasie sygnały się stabilizują. Przez tych kilka minut od włączenia, sygnały delikatnie przesuwają się względem siebie w czasie oraz zmieniają się kształty zboczy poszczególnych sygnałów. Po około 10 minutach pracy z tego co zaobserwowałem na kilku Atarkach, już później chodziło wszystko cały czas stabilnie - w sensie że nie następowały już zmiany w sygnałach na płycie.
Generalnie przy różnych rozszerzeniach, które instalowałem na różnych płytach zawsze testuję wszystko tuż po włączeniu zimnego kompa, oraz po wygrzaniu przez co najmniej 10-15 minut. Nie spotkałem się z żadnymi zmianami w stabilności systemu po czasie dłuższym niż kilka minut od włączenia kompa.

To poczekaj aż perinoid zrobi u siebie i potwierdzi temat, a następnie poproś kogoś ze swojej okolicy o pomoc. W zasadzie jak już temat będzie pewny na 100% i nie będzie wymagał odwracalności naprawy, to wystarczy przeciąć nogę nogę 29 GTIA i zlutować pod spodem płyty pin 29 i 28 przeciągając cynę i robiąc tam po prostu zwarcie między tymi dwoma punktami. Roboty poniżej 30 sekund:-)

Ten sam problem (wada typu drugiego) występuje także w GTIA w wersji NTSC.