Problemem jest brak dynamicznych bibliotek, więc większość tego kodu to crt0 które aby być ze wszystkim kompatybilne, musi sporo zrobić na starcie. Można standardowe crt0 zastąpić własnym i wtedy się to bardzo zmniejsza, robił tak np. Draco030: http://www.obta.uw.edu.pl/~draco/atari/atari.html. Ale i tak, jak będziesz linkował to będą szły całe biblioteki niestety.
Co do SDL, to na gołym ST raczej zapomnij (za wolna), ale na Falconie co mniej skomplikowane rzeczy chodzą, na 060 nawet nieco bardziej skomplikowane. Jeśli chcesz pisać tylko dla Atari, to polecam zapoznać się z biblioteką GODLIB, ale będziesz ja musiał przeportować do GCC, co może być problematyczne (http://rg.atari.org/source.htm), ewentualnie pozostaje użycie Pure C w którym została napisana.
Atari: FireBee, (Falcon030 CT60e SuperVidel SvEthlana CTPCI), TT, (520ST Pak030 Frak PuPla Panther), (520ST 4MB ST RAM 8MB TT RAM CosmosEx SC1435), (1040STFM UltraSatan SM124), (1040STE 4MB ST RAM 8MB TT RAM CosmosEx NetUSBee SM144 SC1224), 260ST, 520 ST+, (MEGA ST SM125), (65XE Rapidus U1MB VBXE SIDE2 SIO2PC), (Jaguar SkunkBoard), Lynx II, 2x Portfolio