Ja uzywam mads + crimson editor + gnu make z cygwina.

1. Osobiście nie używam, ale to może Ci się spodoba: http://www.wudsn.com/content.php#ide_tab (zwłaszcza, gdy używasz Eclipse'a).
2. I jak czegoś nie wiesz - pytaj śmiało (tu lub u konkurencji).

Patentów jest wiele, zależy co dokładnie się dzieje :). Ja osobiście używam w zależności od sytuacji:
1. jmp * i analiza rejestrów/pamięci (czasami po wstawieniu dodatkowego warunku).
2. historia skoków (zwłaszcza, gdy kod leci w 'maliny').
3. do kodu w malinach - wektor przerwania 'brk' na zero - pułapkę na PC=0. Czasami dosyć szybko wychodzi źródło zła.
4. gdzieś do ramu zapisuję 'loga' (przetwarzane wartości, wyniki cząstkowe, ...).
5. dogłębna analiza źródła - krok po kroku co się dzieje.
Generalnie - nie ma tutaj prostego sposobu - zrób x lub y a błąd się ujawni. To nie java :).

zamiast JMP* można od raz wstawić rozkaz CIM ($F2) albo inny nielegal który spowoduje przejście do debugera emulatora, rozkaz BRK jest legalem i przy sprzyjających wiatrach program z nim jeszcze podziała

w emulatorze można ustawić pułapki Breakpoints (Altirra BP, Atari800Win B) jest to lista z warunkami dla których przerwać wykonywanie programi, np. jeśli wystąpi zapis do komórek z zakresu $a000..$a01f przerwij, albo jeśli będzie odczyt komórki $88

można debugować do pliku, w Atari800Win zauważyłem nowe opcje debugera jak TRAINER, pewnie chodzi o zmianę jakiejś komórki pamięci, niektórzy wolą właśnie Atari800Win ze względu na wygodniejszy debuger

można podejrzeć historię ostatnio wykonywanych operacji CPU, (Atari800Win H), oczywiście jeśli zrobiliście JMP * to historia będzie mocno monotonna

trzeba przyjrzeć się debugerowi każdego w emulatorów (Altirra .HELP, Atari800Win ?), obecnie udostępniają spore możliwości, standardu komend, skrótów nie ma stąd pewne bolączki przy przejściu z Atari800Win na Alitrre u osób przyzwyczajonych do jednego z tych emulatorów

dla Atari800Win jest PROFILER http://www.alamak0ta.republika.pl/profiler.html

Atari800Win był długi czas standardem nie do pobicia, aktualnie pobiła go Altirra pod względem jakości emulacji i dodatkowej obsługi sprzętów, na początku na pewno Atari800Win powinien wystarczyć, kiedyś zauważysz że Atari800Win potrafi się wysypać jeśli Twój program ostro go zmęczy, wtedy trzeba ustawiać od nowa wszystkie ROM-y

większość tu obecnych programujących XE/XL miało kontakt z Atari800Win, duża część pewnie długo będzie jeszcze mu wierna, jeśli Twój program będzie korzystał z większej ilości przerwań DLI, duszków PMG powinieneś sprawdzić jego działanie na obydwu emulatorach, osobiście najbardziej wierzę Altirrze

zdarza się że ktoś wypuści gotowy program testowany tylko na emulatorze i potem okazuje się nie działa na prawdziwym sprzęcie, zdarzyło się to nawet Fox-owi kiedy pisał interko pod Atari800Win

Dzięki :-)

Atarowiec mieszka, ale nie specjalista, przynajmniej jeśli chodzi o assemblera ;)