_tzok_, i to jest niestety dokładnie ten sam problem, który miałem w swoim interfejsie. Przypatrz się uważnie gdzie występują błędy. Jest pewna reguła: błędny bajt jest zawsze ostatnim bajtem z grupy 512 bajtów. Tak jest przy małej ilości błędów, przy dużej już są to różne bajty. Co ciekawe, u mnie te błędy były powtarzalne, czyli przy kilku próbach takiego kopiowania zawsze miałem powtarzalne te same błędy. Zwróć też uwagę jaki jest ten błędny bajt: u mnie zawsze był to bajt któryś obok tego właściwego, a nie losowy i też dało się zaobserwować regułę.
Wyglądało mi to, jak by błędy w transmisji pojawiały się zawsze na koniec sektora (512 bajtów). W dodatku ten błędny ostatni bajt był powtórzeniem któregoś sąsiedniego bajtu (już nie pamiętam którego dokładnie). Z tego powodu zastanawiałem się, czy nie jest to problem drivera, a nie sprzętu. Dlatego cisnąłem Putnika, sądząc, że może jest problem jakiś z driverem, bo przecież przy zakłóceniach błędy powinny mieć charakter losowy. Jednak Putnik upierał się, że to jest kwestia zakłóceń, a na koniec obraził się, że go nie chcę słuchać - jak to Putnik:-)
Szedłem więc dalej ścieżką którą mi wytyczył i trzymałem się tych zakłóceń. Poprawa sytuacji, lub jej pogorszenie następowało przy dobieraniu różnych kart CF, różnych GAL-i (najlepszy u mnie okazał się być 25ns, ale testowałem tylko szybsze, nie miałem takiego jak twój 35ns). Ostatecznie pomogło u mnie dobranie jedynej karty 2GB (ta Twoja dobrze rokuje, trzymał bym się jej), GAL-a 25ns (choć możliwe, że 35ns też jest  ok, nie sprawdzałem), oraz spróbuj wlutować te diody schotky tak jak Ci pisałem w mailu.

Nie pozostaje nic innego jak pogratulowac czerpania wzorcow od najlepszych ze strony zrob.se

Vampirised Atari 520STFM w akcji: https://vimeo.com/187388251

@spidi: Czy planujesz zrobienie tego turbacza też w wersji dla STE?

Uniwersalnego programu dla ST nie ma, ale napisanie takowego (tj dedykowanego) jest proste, to kilka linijek. Standartodwy RAM w ST to pierwsze 4MB przestrzeni adresowej, po tym aż to $E00000 jest miejsce które możesz wykorzystać. Dalej jest ROM i IO. Tu masz spis wszystkiego: http://ftp.lip6.fr/pub/atari/Docs/hardware.txt
Btw. do testowania RAMu, nie musisz go dodawać do systemu, jak wiesz gdzie jest to możesz go używać. Informacja dla TOSa jest po to żeby wiedział że może tam alokować.

Fajny pomysł.

Czy jestes pewny że dokładnie WD nie działa? Być może chodzi o układ DMA który odbiera dane od WD i zapisuje je do pamięci.
Bus Mastering w Atari jest inaczej rozwiązany niż w Amidze (sławetna instrukcja TAS na Amidze). Może być tak, że Twój układ nie pozwala na przejęcie szyny danych właśnie przez DMA.

Czy dopałka posiada FAST-RAM? Dopalanie ST bez FAST-RAMu jest trochę pozbawione sensu, bo realny przyrost prędkości (przy zmianie taktowania CPU z 8 na 16MHz) to ok. 10-20%.

Moje podejrzenie jest takie że dajesz do WD1772 zbyt wysoki zegar.

Możesz zrobić też wersję dla STE (procesor w podstace PLCC)?

Na http://www.atari-forum.com/ są ludzie robiący podobne rzeczy.

z Amigą nie próbowałem, mam ją aktualnie trochę w rozsypce, ale postaram się na dniach sprawdzić