To co mierzysz "przez chwilkę" to nie jest prawidłowy pomiar, więc tym się raczej nie sugeruj. Druga sprawa, że nie powinieneś mierzyć napięć bez obciążenia (chociaż zasilacz wstępnie obciążają rezystory R20 i R22).
Stabilizacją napięcia zajmują się SHR (i sąsiadujące elementy) oraz PC111 - gdy napięcie na linii 5V zaczyna przekraczać 5V, a na linii 12V zaczyna przekraczać 12V (zobacz, że masz tam precyzyjnie dobrane rezystory R17 R18 R23 R24 R19), układ TL431 (regulowane źródło prądowe) zaczyna przewodzić, więc zaczyna świecić dioda w transoptorze PC111. Wtedy fototranzystor w transoptorze PC111 zaczyna przewodzić wpływając na pracę układu UC3844 (zmniejsza się szerokość impulsów sterujących).
Wylutowanie Q2 tylko zmieniło działanie układu P.G. sam zasilacz nadal pracuje tak jak pracował, więc skoro go podłączałeś i nic się nie działo, to nic się nie zmienia i nadal możesz go podłączać.
Układ z SHR2 porównuje napięcie z trafa (z linni -12V) i wysterowuje przez SHR2 tranzystor Q2, a przez niego tranzystory Q3 i Q4, które to są zasilane z 12V i 5V, więc jeśli zabrakłoby któregoś napięcia, to też zostałoby to wykryte. Dodatkowo tranzystory Q3 i Q4 objęte są pętlą sprzężenia zwrotnego (R32, R30), dzięki temu jest to układ z histerezą.
Ja tak to widzę, jeśli ktoś ma inne info, bardzo proszę o wpis.