Ja też mam miejsce na baterię, tylko "stojącą", mam nawet takie koszyczki na CR2032, ale ja mam swój RTC wpinany między klawiaturę a płytę, więc ostatecznie tej baterii nie zakładałem. Zresztą standardowy zegar w ST nie jest zgodny z Y2K, a mój jest (bo sam TOS/GEMDOS nie ma z tym problemu) ;)
Twoja przejściówka na kartę microSD może być problematyczna, bo ma konwerter 3,3V<->5V, a STM32 ma logikę 3,3V i konwerter jest zbędny (bardziej by się przydał na pinach podpiętych po portu ACSI).
Ja programuję przez ST-Link V2.