Wprawdzie Atari nie grzeje się za bardzo i np. raczej nie powinna mieć miejsca sytuacja, gdy pod wpływem temperatury "zimne luty" zaczynają mieć problem z przewodnictwem, ale warto sprawdzić płytę (zwłaszcza miejsca lutowania wymienianych pamięci) pod kątem "zimnych lutów".
Potem przeszedłbym od sprawdzenia zasilacza, czy po pewnym czasie nie traci parametrów. Najlepiej podłączyć inny (niekoniecznie oryginalny) i sprawdzić, czy problem pojawia się.
Jeżeli wyeliminujesz możliwość, że to zasilacz, to przyczyn bym szukał w pamięciach RAM. Być może po "nagrzaniu" jedna przestaje stabilnie działać.