Zdarza się, że po przytrzymaniu resetu TOS nie jest zmieniany, tylko w pętli co chwilę pika kod aktualnego slotu (tego przed naciśnięciem). Za drugim przytrzymaniem resetu jest już ok.
Problem który opisałeś jest powodowany samym przyciskiem reset w Atari. Styki przycisku są zabrudzone co powoduje że przycisk nie łączy, spotkałem się nawet z przyciskami które zwierały w połowie wciśnięcia a potem, po wciśnięciu do końca rozwierały.
Żeby przełączyć slot reset musi być wciśnięty minimum 3s, krótsze wciśnięcie jest traktowane jako zwykły reset i nie przełącza slotu.
Rozwiązaniem problemu jest przeczyszczenie przycisku reset.
Sprawę pomijania slotów rozważę w aktualizacji oprogramowania, dzięki za sugestię.